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Publié au Journal officiel du 30 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie en profondeur les règles applicables aux congés pour raison de santé dans les trois versants de la fonction publique. Il poursuit un double objectif : rapprocher certaines règles du régime général de la sécurité sociale et renforcer le contrôle des arrêts de travail, tout en faisant évoluer le régime du temps partiel thérapeutique (TPT).

Pour les collectivités territoriales, ce texte implique une adaptation des procédures internes de gestion des congés de maladie, des contrôles administratifs et des demandes de temps partiel thérapeutique.

Le décret prévoit une entrée en vigueur différée :

• 1er août 2026 : dispositions relatives au temps partiel thérapeutique ;
• 1er septembre 2026 : dispositions relatives aux arrêts de travail, aux contrôles, aux certificats médicaux sécurisés et aux congés de longue maladie.

I. Le temps partiel thérapeutique : une procédure profondément remaniée

Le décret ne modifie pas les conditions d'accès au temps partiel thérapeutique mais seulement la procédure.

Demeurent inchangées les règles relatives :

• aux bénéficiaires ;
• aux conditions médicales ;
• aux quotités de travail ;
• à la rémunération ;
• à la durée maximale d'un an,

En revanche, la procédure d'instruction est largement réécrite.

1. Une décision désormais enfermée dans un délai de 30 jours

Avant le décret

Aucun délai réglementaire n'était imposé à l'administration pour répondre à une demande initiale.

Dans certaines collectivités, les délais d'instruction pouvaient être particulièrement longs, notamment lorsque plusieurs avis médicaux étaient sollicités.

Depuis le 1er août 2026

L'autorité territoriale doit désormais statuer dans un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande complète.

Cette disposition poursuit un objectif de sécurisation des reprises d'activité et d'amélioration des délais de traitement.

Conséquences pour les collectivités

Les services RH devront :

• enregistrer précisément la date de réception de chaque demande ;
• mettre en place un suivi des échéances ;

• anticiper les éventuelles consultations du médecin agréé.

2. Certains temps partiels thérapeutiques sont désormais accordés sans délai

Est supprimée la durée minimale d'un mois

Le décret prévoit plusieurs hypothèses dans lesquelles le temps partiel thérapeutique est mis en œuvre immédiatement.

Sont concernés les agents reprenant leurs fonctions :

• après un congé de longue maladie (CLM) ;
• après un congé de longue durée (CLD) ;
• après un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ;
• après une disponibilité d'office pour raison de santé ;
• ou à l'issue d'une première période de TPT.

Ce qui change

Auparavant, ces situations donnaient souvent lieu à une nouvelle phase complète d'instruction.

Le décret privilégie désormais la continuité de la reprise d'activité.

3. Les motifs de refus sont désormais distingués

Le décret différencie clairement deux hypothèses.

Le refus pour motif médical

L'autorité territoriale ne peut plus se fonder uniquement sur son appréciation.

Elle doit obligatoirement recueillir l'avis d'un médecin agréé.

Cette consultation devient une garantie procédurale.

Le refus pour nécessité de service

Lorsqu'il ne repose pas sur un motif médical, le refus :

• doit être précédé d'un entretien avec l'agent ;
• doit être expressément motivé.

Cette disposition transpose les principes généraux du contradictoire dans la procédure de refus.

4. Une autorisation unique pouvant couvrir un an

Le décret met fin à une pratique consistant à renouveler périodiquement les autorisations.

Désormais, l'autorisation peut couvrir directement toute la durée du TPT, dans la limite d'un an.

Conséquences

Cette mesure :

• réduit le nombre d'arrêtés à prendre ;
• diminue les consultations médicales successives ;
• simplifie le suivi administratif.

5. Les contrôles médicaux sont renforcés

L'autorité territoriale peut désormais saisir un médecin agréé :

• dès la demande initiale ;
• pendant toute la durée du TPT.

Auparavant, cette possibilité était essentiellement utilisée lors des renouvellements.

6. Les droits de l'agent sont maintenus en cas de contestation

Lorsque l'agent conteste les conclusions du médecin agréé devant le conseil médical :

le bénéfice du temps partiel thérapeutique est maintenu jusqu'à la décision du conseil médical.

Cette disposition évite les ruptures de droits pendant l'instruction du recours.

II. Les nouvelles règles relatives aux arrêts maladie (à compter du 1er septembre 2026)

Le décret renforce également les dispositifs de contrôle.

1. Généralisation du certificat d'arrêt sécurisé

À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail devront être établis au moyen d'un formulaire sécurisé.

Objectif

Cette mesure vise principalement :

• lutter contre les faux arrêts ;
• harmoniser les pratiques avec le régime général.

Les collectivités devront être attentives au modèle de certificat transmis par les agents.

2. Encadrement des prescriptions médicales

Le décret rapproche les règles applicables aux agents publics de celles du Code de la sécurité sociale.

Les prescriptions d'arrêt de travail devront désormais respecter des durées déterminées, sauf exceptions médicalement justifiées.

3. Des obligations renforcées pour les agents

Le maintien de la rémunération reste conditionné au respect de plusieurs obligations.

L'agent devra notamment :

• respecter les heures de présence prescrites ;
• se soumettre aux contrôles ;
• transmettre les documents dans les délais réglementaires ;
• respecter les prescriptions médicales.

Le non-respect de ces obligations pourra entraîner la suspension de la rémunération.

4. Les contrôles administratifs deviennent un véritable outil de gestion

Le décret conforte le recours aux contrôles administratifs.

Ceux-ci pourront notamment vérifier :

• la présence de l'agent à son domicile ;
• le respect des autorisations de sortie ;
• le respect des obligations liées au congé de maladie.

Ces contrôles viennent compléter les contrôles médicaux.

III. Simplification des congés de longue maladie

Le décret poursuit également un objectif de simplification.

Jusqu'à présent, les prolongations de :

• CLM ;
• CGM ;
• CLD

nécessitaient l'avis du conseil médical.

Cette consultation systématique disparaît.

Objectif

Réduire :

• les délais d'instruction ;
• l'engorgement des conseils médicaux.

Pour les employeurs, cette évolution devrait permettre une gestion plus fluide des dossiers.

IV. De nouveaux droits pour les agents

Le décret ne comporte pas uniquement des mesures de contrôle.

Il crée également plusieurs garanties nouvelles.

L'indemnité d'attente

Une indemnité d'attente est instaurée dans certaines situations afin d'éviter une interruption de rémunération pendant l'instruction de certains dossiers médicaux.

Cette mesure sécurise financièrement les agents lorsque les délais d'instruction sont importants.

La formation pendant un congé de santé

Un agent pourra désormais suivre une formation pendant son congé pour raison de santé, sous réserve :

• d'un avis médical favorable ;
• de la compatibilité de la formation avec son état de santé.

Cette mesure participe à la préparation de la reprise d'activité et au maintien de l'employabilité.

Tableau comparatif des principales évolutions

Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires - Légifrance